Ilmu kedokteran berkembang semakin dinamis di era globalisasi saat ini. Perkembangan tersebut harus diimbangi dengan pertumbuhan jumlah doktor yang memiliki kepakaran di bidangnya masing-masing. Hal tersebut diperlukan agar perkembangan ilmu pengetahuan tetap terjamin dan tidak berjalan di tempat.
Mencetak doktor di berbagai bidang merupakan kontribusi penting Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia terhadap dunia kesehatan. Program ini bertujuan menghasilkan lulusan yang memiliki integritas ilmiah, wawasan dan kemampuan dasar keilmuan,dan kemampuan mengembangkan keilmuan melalui pendekatan yang sesuai dengan masing-masing bidang.
Untuk mengikuti program Doktor ini, pelamar harus mempunyai ijazah Dokter Spesialis 1 atau S2 Ilmu Kedokteran untuk bidang yang ingin dimasuki. Masa studi program ini adalah 6-10 semester dengan jumlah SKS sebanyak 49-52 SKS. Penerimaan mahasiswa baru dilakukan pada semester genap dan ganjil
